ลักษณะภูมิประเทศของพื้นที่ชุ่มน้ำแม่น้ำบางปะกง มีลักษณะเป็นแม่น้ำสายสำคัญในจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดฉะเชิงเทรา มีความยาวประมาณ 231 กิโลเมตร และมีความกว้างในช่วงที่ไหลผ่านเขตเทศบาลเมืองฉะเชิงเทราประมาณ 120 เมตร แม่น้ำบางปะกง เกิดจากการรวมตัวกันของแม่น้ำนครนายกกับแม่น้ำปราจีนบุรีที่ไหลมาบรรจบกันที่บริเวณตําบลบางแตน อําเภอบ้านสร้าง จังหวัดฉะเชิงเทรา ไหลผ่านมาจากทิศเหนือผ่านที่ราบต่ำ ตอนกลางและไหลผ่านตอนล่างลงสู่ทิศใต้และออกสู่อ่าวไทยที่ตําบลปากม้า อําเภอบางคล้า จังหวัดฉะเชิงเทรา ลําน้ำสาขาที่สําคัญ ได้แก่ แม่น้ำนครนายก และคลองท่าลาด
ระบบนิเวศของพื้นที่ปากแม่น้ำบางปะกง เป็นบริเวณที่น้ำจืดและน้ำเค็มผสมกัน โดยมีอิทธิพลของกระแสน้ำขึ้นลงเป็นปัจจัยสำคัญต่อลักษณะทางกายภาพและชีววิทยา และจัดเป็นระบบนิเวศที่มีลักษณะเฉพาะตัว เป็นที่อยู่อาศัย แหล่งอาหาร ที่วางไข่และอนุบาลตัวอ่อนให้กับสัตว์น้ำนานาชนิด เป็นถิ่นที่อยู่อาศัยของโลมาอิรวดี (Orcaella brevirostris) บริเวณปากแม่น้ำบางปะกง เป็นแหล่งทรัพยากรอันอุดมสมบูรณ์และมีคุณค่าต่อการดำรงชีวิตของประชาชนในพื้นที่ มีการใช้ประโยชน์ทั้งการอุปโภคบริโภค เกษตรกรรม อุตสาหกรรม การคมนาคมทางน้ำ การท่องเที่ยว และเป็นแหล่งทำการประมง ทั้งการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การทำประมงชายฝั่งที่สำคัญ
คุณภาพน้ำภายในพื้นที่ชุ่มน้ำอยู่ในเกณฑ์ดี และจัดอยู่ในมาตรฐานคุณภาพน้ำผิวดินประเภทที่ 2 ซึ่งเป็นแหล่งน้ำที่ได้รับน้ำทิ้งจากกิจกรรมบางประเภท และสามารถเป็นประโยชน์เพื่อการอุปโภคและบริโภคโดยต้องผ่านการฆ่าเชื้อโรคตามปกติและผ่านกระบวนการปรับปรุงคุณภาพน้ำทั่วไปก่อน และเพื่อการอนุรักษ์สัตว์น้ำ การประมง และการว่ายน้ำและกีฬาทางน้ำ