ทรัพยากรป่าไม้ พบพรรณไม้ รวม 385 ชนิด จาก 296 สกุล 103 วงศ์ เป็นพรรณไม้ที่นำเข้าไปปลูก เช่น มะม่วงหิมพานต์ Anacardium occidentale L. ลำดวน Melodorum fruticosum Lour. หูกวาง Terminalia catappa L. สนประดิพัทธ์ Casuarina junghuhniana Miq. หางนกยูงฝรั่ง Delonix regia (Bojer ex Hook.) Raf. กระถินณรงค์ Acacia auriculaeformis A.Cunn. ex Benth. ประดู่บ้าน Pterocarpus indica Willd. อินทรชิต Lagerstroemia loudonii Teijsm. & Binn. สะเดา Azadirachta indica A.Juss. var. siamensis Valeton มะพร้าว Cocos nucifera L. var. nucifera และปาล์มน้ำมัน Elaeis guineensis Jacq.
พบพืชหายากที่มีความสำคัญต่อการอนุรักษ์ระดับชาติ ได้แก่ ปรงทะเล Cycas edentata de Laub. นมแมว Uvaria siamensis (Scheff.) L.L.Zhou, Y.C.F.Su & R.M.K.Saurnders จิกเล Barringtonia asiatica (L.) Kurz และเอื้องฝาหอย Paphiopedilum godefroyae (God.-Leb.) Stein และพืชหายากที่มีความสำคัญต่อการอนุรักษ์ระดับนานาชาติ คือ ปรงทะเล Cycas edentata de Laub. และเอื้องฝาหอย Paphiopedilum godefroyae (God.-Leb.) Stein รวมทั้งพบพืชถิ่นเดียว คือ เอื้องฝาหอย Paphiopedilum godefroyae (God.-Leb.) Stein
พบพืชต่างถิ่นที่รุกรานรายการ 1 จำนวน ได้แก่ หงอนไก่ไทย Celosia argentea L. สาบเสือ Chromolaena odorata (L.) R.M.King & H.Rob. ขี้เหล็กย่าน Mikania cordata (Burm.f.) B.L.Rob. หญ้ายาง Euphorbia heterophylla L. แมงลักคา Hyptis suaveolens (L.) Poit. กระถิน Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit ไมยราบต้น Mimosa pigra L. หญ้าคา Imperata cylindrica (L.) P.Beauv. หญ้าขจรจบ Pennisetum polystachyon (L.) Schult. สาหร่ายหางกระรอก Hydrilla verticillata (L.f.) Royle และผักตบชวา Eichhornia crassipes (Mart.) Solms และพบพืชต่างถิ่นที่รุกรานรายการ 2 ได้แก่ ผักขมหนาม Amaranthus spinosus L. และตะขบฝรั่ง Muntingia calabura L.
ทรัพยากรสัตว์ป่า สัตว์ป่าที่มีสถานภาพด้านการอนุรักษ์ของสัตว์ป่าที่เกี่ยวข้องกับเกณฑ์การจัดสถานภาพพื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระหว่างประเทศ ประกอบด้วย สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ได้แก่ ค่างแว่นถิ่นใต้ (Trachypithecus obscurus) นากใหญ่ขนเรียบ (Lutrogale perspicillata) เลียงผา (Capricornis milneedwardsii) ชะนีมือขาว (Hylobates lar) ลิ่นชวา (Manis javanica) สัตว์จำพวกนก ได้แก่ นกหัวโตมลายู (Charadrius peronii) และสัตว์เลื้อยคลาน ได้แก่ เต่าหับ (Cuora amboinensis) เต่าดำ (Siebenrockiella crassicollis) และเต่าใบไม้ (Cyclemys dentata)
ทรัพยากรปลา พบปลาชนิดที่มีแนวโน้มใกล้สูญพันธุ์ (VU-Vulnerable species) ได้แก่ ปลาดุกด้าน Clarias batrachus ปลาดุกอุย Clarias macrocephalus ปลากดทะเล Netuma thalassina ปลาบู่ใส Neostethus bicornis และปลาบู่สมิธ Phenacostethus smithi และชนิดที่ถูกคุกคามในแหล่งที่อยู่อาศัยตามธรรมชาติ (NT-Near Threatened) ได้แก่ ปลาจาละเม็ดขาว Pampus argenteus
พบชนิดพันธุ์ประจําถิ่น (Endemic species) ที่เป็นปลาเฉพาะถิ่นของประเทศไทย ได้แก่ ปลาบู่สมิธ Phenacostethus smithi นอกจากนี้พบปลาชนิดพันธุ์ต่างถิ่นที่รุกรานแล้ว คือ ปลาหมอเทศ Oreochromis mossambicus และปลานิล Oreochromis niloticus
ทรัพยากรสัตว์หน้าดิน พบปริมาณสัตว์หน้าดินมีความชุกชุมเฉลี่ย 496 ตัวต่อตารางเมตร ปริมาณความชุกชุมมากที่สุดอยู่ในไฟลัม Mollusca รองลงมา คือไฟลัม Arthropoda และ ปริมาณความชุกชุมน้อยที่สุดอยู่ในไฟลัม Annelida
ทรัพยากรปะการังและหญ้าทะเล ปะการังที่พบในพื้นที่ชุ่มน้ำบริเวณเกาะต่าง ๆ ได้แก่ เกาะละวะใหญ่เกาะโบยใหญ่ เกาะโบยน้อย เกาะทอง เกาะแดง เกาะกูดูเล็ก เกาะกูดูใหญ่ เกาะโรย เกาะเหลาบาตัง เกาะยาวน้อย เกาะยาวใหญ่ นั้น พบว่า แนวปะการังส่วนใหญ่อยู่ในสถานภาพเสียหายมาก คือ เสียหายมากร้อยละ 55 เสียหายร้อยละ 25 ดีปานกลางร้อยละ10 ดีร้อยละ 5 และดีมากร้อยละ 5 ความเสื่อมโทรมของแนวปะการังเกิดขึ้นจากสาเหตุ 2 ประการ คือ จากธรรมชาติ เช่น การเกิดปรากฎการณ์ปะการังฟอกขาว การได้รับอิทธิพลจากตะกอนและน้ำจืด และจากกิจกรรมของมนุษย์ เช่น การพัฒนาชายฝั่ง การท่องเที่ยว
พบปะการังที่อยู่ในสถานภาพดีมากอยู่บริเวณเกาะเหลาบาดัง จำนวน 21 ชนิด ได้แก่
สำหรับแนวปะการังที่อยู่ในสภาพดีปานกลางอยู่ในพื้นที่เกาะยาวน้อย ปะการังที่พบ คือ ปะการังช่องเหลี่ยม (Favites pentagona ) ปะการังโขด (Porites lutea ) ปะการังดอกไม้ทะเล (Goniopora sp. ) และปะการังวงแหวน (Favia spp.) ส่วนที่เหลือเกาะอื่นๆ พบ แนวปะการังมีสถานภาพเสียหายถึงเสียหายมาก
ในพื้นที่เกาะต่าง ๆ พบว่า เกาะเหลาบาตังมีปะการังปกคลุมพื้นที่มากที่สุด พิจารณาโดยรวมชนิดของปะการังที่ปกคลุมพื้นที่ พบว่า ปะการังโขด (Porites lutea) ปกคลุมพื้นที่มากที่สุด ถึงร้อยละ 44.19 รองลงมา ปะการังรังผึ้ง (Goniastrea spp.) ร้อยละ 37.84 ปะการังสมองร่องเล็ก (Platygyra pini) ร้อยละ 30.43 ปะการังเขากวาง (Acropora sp.) ร้อยละ 23.94 และ ปะการังวงแหวน (Favia spp.) ร้อยละ 21.73 ตามลำดับ
พบแหล่งหญ้าทะเลมีสถานภาพ 3 ระดับ คือ ระดับสมบูรณ์ดี บริเวณเกาะละวะใหญ่ และอ่าวโล๊ะปาไล แหลมหาด บริเวณเกาะยาวใหญ่ ระดับสมบูรณ์ปานกลาง ได้แก่ บริเวณอ่าวโล๊ะโป๊ะใหญ่ และอ่าวสน เกาะยาวใหญ่ ระดับคงสภาพตามธรรมชาติ ได้แก่ บริเวณอ่าวพังงาตอนใน สำหรับสถานภาพตาม IUCN Red List พบว่าหญ้าทะเลทุกชนิดอยู่ในกลุ่มที่เป็นกังวลน้อยที่สุด (LC) โดยทั่วไปสถานภาพของแหล่งหญ้าทะเลมีการเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล ความเสื่อมโทรมของแหล่งหญ้าทะเลเกิดจากธรรมชาติ ได้แก่ ฤดูกาล คลื่นลมมรสุม อุณหภูมิน้ำทะเลเพิ่มสูงขึ้นผิดปกติ และจากกิจกรรมของมนุษย์ ได้แก่ การพัฒนาชายฝั่ง
การปล่อยน้ำเสีย การทำประมงผิดกฎหมาย เป็นต้น หญ้าทะเลที่พบ ได้แก่ หญ้าคาทะเล(Enhalus acoroides) หญ้าเงา, หญ้าใบมะกรูด หรือหญ้าอำพัน (Halophila ovalis ) หญ้าชะเงาใบเลื่อย( Cymodocea serrulata)หญ้าชะเงาสีเขียวปลายใบแฉก, หญ้าชะเงาใบแคบหรือหญ้ากุยช่ายทะเล (Halodule uninervis)หญ้าเต่า หรือหญ้าชะเงาเต่า( Thalassia hemprichii) หญ้าผมนาง, หญ้าชะเงาฝอย, หรือหญ้ากุยช่ายเข็ม( Halodule pinifolia)